SRAM和基于闪存的空间级FPGA可以在轨道进行重新编程，从而提供最大的灵活性，以响应不断变化的需求来更改功能并提高系统性能。对于技术演示卫星，可以使用单个有效载荷实现多个实验，从而最大程度地减少机载处理硬件。FPGA固件可以在需要时进行上空链接和部署，就可以提早启动任务以利用较短的行星轨道。

通常，赛灵思的空间级和耐辐射FPGA以主SPI和BPI模式配置。为了实现在轨可重新配置性，诸如嵌入式微处理器之类的外部设备可以通过以从属串行或从属SelectMap模式运行的FPGA控制SelectMap接口。MPU或FPGA可以在预先存储在外部闪存中的多个配置位流之间进行选择，然后使用诸如SpaceWire或Can。

以Xilinx的XQRKU060 FPGA为例，在Slave SelectMap模式下，INIT_B变高后，可以在CCLK的每个上升沿（通过bank 65的多个功能引脚）将并行数据加载到FPGA的配置存储器中，并使用MPU（或非易失性FPGA）生成后者。

在从串行模式下，INIT_B变为高电平后，在CCLK的每个上升沿（通过存储体0中的D01_DIN引脚）将一位数据加载到FPGA的配置存储器中，而MPU则产生后者。配置完成后，通常不使用与外部闪存的SPI接口，但是Xilinx的STARTUPE3原语允许对该端口进行读写访问，从而可以上传新的比特流。如果有备用容量，也可以写入多个图像或应用程序数据。

Xilinx的XQRKU060 FPGA还提供了MultiBoot功能，使您可以将多个比特流存储在外部闪存中，然后在这些在轨存储器之间进行选择。支持主SPI和BPI模式，并通过使用内部的

PROGRAM（IPROG）命令重新配置FPGA来启动MultiBoot 。这类似于脉冲PROGRAM_B引脚，但是IPROG不会复位专用配置逻辑，也不会擦除用于启动MultiBoot的WBSTAR，TIMER，BSPI和BOOTSTS寄存器。该IPROG可以通过由用户逻辑控制的ICAP发出命令，也可以将其嵌入位流中，从而允许系统在轨重新编程。所述IPROG命令指示FPGA以从指定的地址装入新的图像WBSTAR寄存器，并且如果存在问题，诸如IDCODE，CRC，或者超时错误，一个备用设施存在，以恢复原始的金色的比特流。

主要配置（上面蓝色显示）使用静态的顶级布局和路由实现，并且导入的分区必须遵守这一点。这使FPGA可以在不同任务之间进行时分复用，部分位文件可以小到一帧，也可以大到完整的位流。与其他在轨重编程方法不同，部分重配置不会完全破坏整个FPGA的运行。

对于XQRKU060，启用PERSIST位流选项后，在进行回读访问配置后，将保持对SelectMAP端口的配置逻辑访问。PERSIST选项可用于使用外部设备（例如微控制器）重新配置FPGA，而无需对PROGRAM_B引脚施加脉冲或使用JTAG接口。

对于基于Flash的Microchip ProASIC3，RTG4和RTPolarFire FPGA，外部微处理器可以控制其JTAG接口，以重新配置在轨设备。Microchip的DirectC软件管理MPU和目标FPGA之间的握手以及配置数据的传输。DirectC可以免费下载，并且需要主机MPU上256个字节的存储空间。

通常，NanoXplore的空间级FPGA使用主SPI模式配置，但是，也存在许多并行从模式以及JTAG接口，以允许诸如微处理器之类的外部设备控制I / O并生成配置时钟。 此外，程序库内存在一个专用的SpaceWire端口，以使用该航空电子标准直接在轨更新FPGA的比特流。